2003年2月
阪大初の教員による大学発ベンチャー「ナノフォトン株式会社」を創業
2004年4月
阪大吹田キャンパス内にR&Dセンターを設立
2005年9月
世界初のレーザー走査ラマン顕微鏡「RAMAN-11」を発表
（世界初のライン照明、世界初のレーザービーム走査）
2006年4月
第18回中小企業庁長官賞（中小企業優秀新技術・新製品賞）受賞
2007年11月
会長河田聡、紫綬褒章を受章
2008年9月
形状測定機能を有するレーザーラマン顕微鏡「RAMANplus」発表
2011年4月
阪大吹田キャンパス内にフォトニクスセンター・ビルが竣工 R&Dセンターを移転
2011年9月
「RAMANtouch」を発売開始（RAMAN-11）の後継機種
2012年9月
超広視野・超深度ラマン顕微鏡「RAMANview」発表
世界で初めてラマン顕微鏡をIoT化
2013年9月
先端増強ラマン散乱顕微鏡「TERSsense」発表
2014年3月
東京ショールームを虎ノ門にオープン
2014年4月
会長河田聡、応用物理学会会長に就任
2016年7月
ソウルショールームを韓国ソウルにオープン
北京ショールームを中国北京にオープン
2016年8月
300mmウエハー検査用ラマン顕微鏡「RAMANdrive」発表
2018年3月
紫外・深紫外のラマン顕微鏡「RAMANtouch vioLa」発表
広帯域（深紫外ー近赤外の）対物レンズ「sumilé」を発表
2019年9月
「RAMANwalk」を発表
（世界初の確率過程論と情報理論に基づく独創的高速ビーム走査方式）
2020年1月
会長河田聡、OSA (Optical Society of America）副会長に就任
2020年12月
大阪ショールームを箕面市船場西にオープン 大阪R&Dセンターも同地に移転
2021年1月
会長河田聡、OSA (Optical Society of America）次期会長に就任
2022年1月
会長河田聡、Optica(元OSA）会長に就任
2022年1１月
11月11日付で、本社を大阪府箕面市船場西3丁目1番7号に移転
2023年2月
創立20周年を迎える
2024年2月
M＆AによりBruker社グループに参画